Der Bau der Godesburg wurde im Jahr 1210 durch den Kölner Erzbischof Dietrich von Hengenbach begonnen und später mehrfach erweitert. Neben anderen Burgen der Region diente die Godesburg zur Befestigung der kurkölnischen Territorialmacht sowie als zeitweilige Residenz.
Als sich Gefolgsleute des Erzbischofs Gebhard Truchseß von Waldburg im sogenannten Truchsessischen Krieg vor bayrischen Truppen auf der Burg verschanzten, wurde diese 1583 belagert und anschließend gesprengt. Die Ruine wurde danach nie mehr wieder aufgebaut.
Erzbischof Gebhard war 1582 zum Protestantismus übergetreten, um seine Geliebte Agnes von Mansfeld heiraten und trotzdem seine landesherrliche Macht behalten zu können. Die katholische Mehrheit im Rat der Kurfürsten und damit der katholische Einfluss im Reich wurden dadurch bedroht. Mit der Bezwingung Gebhards begann die fast 200 Jahre dauernde Herrschaft der bayrischen Wittelsbacher im Erzbistum Köln.
In die Ruine wurde 1959/60 durch den Architekten Gottfried Böhm ein Restaurant integriert. Von der Burg und dem Bergfried aus, den Interessierte ersteigen können, hat man einen wunderbaren Ausblick auf Rheintal, Siebengebirge, Bad Godesberg und Bonn.
