1231, nur fünf Jahre nach dem Tod von Franz von Assisi und drei Jahre nach seiner Heiligsprechung, wurde in Seligenthal ein Konvent gegründet, der sich verpflichtete, nach den Regeln des heiligen Franziskus zu leben.
Die Mitglieder des noch jungen Ordens zog es, wie ihren Gründer, der den Vögeln predigte, in die Einsamkeit der Natur. So dokumentierte die Lage des Seligenthaler Klosters zugleich die nur in der Frühzeit des Ordens verfolgten Regeln, das Leben um Gebet und in der Armut in der Weltabgeschiedenheit zu verbringen.
Die Brüder nannten ihr Tal vallis felix, das glückliche oder auch das selige Tal. So lebten, ihren Ordensvorschriften gemäß, vom Betteln, dem sog. Terminieren und von Erträgen des Stiftungsvermögens ihres Klosters.
1256 war die Klosterkirche fertig gestellt. Sie gilt als älteste Franziskanerkirche auf deutschem Gebiet. Zum Patron wurde der Hl. Antonius von Padua gewählt.
Während das Kirchengebäude auch heute noch den mittelalterlichen Baubestand repräsentiert, stammen die übrigen Gebäude weitgehend aus einem Wiederaufbau in den Jahren nach 1647, als eine verheerende Brandkatastrophe die Klosteranlage verwüstet hatte, die Kirche aber nur leichter beschädigt wurde. Heute erinnern in ihr nur noch wenige Ausschmückungsgegenstände an die Zeit des Klosters.
